Team | 1 9 9 8
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| Pts | Strk |
FC Ajax Lasnamäe |   |   |   |   |   |   |   | 3 |   |   | 9 | 4 | 3 |   |   |   |   | 240 | 4 |
FC Elva |   |   |   | 5 | 7 |   |   | 7 | 10 | 10 |   |   |   |   |   |   |   | 124 | 7 |
FC Flora Tallinn II |   |   |   |   |   |   |   |   | 4 | 2 | 3 | 9 | 2 | 5 | 2 | 3 | 1 | 566 | 9 |
FC Infonet |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 2 | 1 |   |   | 151 | 2 |
FC Kuressaare | 6 | 1 |   |   | 2 |   | 5 |   | 2 |   | 2 |   |   |   |   |   | 6 | 359 | 1 |
FC Levadia Pärnu |   |   |   | 1 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 52 | 13 |
FC Levadia Tallinna | 1 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 32 | 16 |
FC Levadia Tallinna II |   |   |   |   |   |   | 2 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 4 | 5 | 1 | 2 | 811 | 11 |
FC Lootus Kohtla-Järve | 3 | 2 |   |   |   | 1 |   |   | 8 |   |   | 2 |   | 7 | 10 |   |   | 318 | 2 |
FC Maardu |   | 6 | 1 | 3 | 3 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 205 | 12 |
FC Puuma |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 6 | 7 | 9 | 10 | 136 | 4 |
FC TVMK II Tallinn |   |   |   |   |   |   | 7 | 6 | 6 | 4 | 10 |   |   |   |   |   |   | 212 | 6 |
FC Valga | 4 | 4 |   | 2 | 1 |   |   |   |   | 8 | 5 | 3 | 8 | 10 |   |   |   | 396 | 3 |
FCA Estel Tallinn |   |   |   |   |   | 4 | 6 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 76 | 10 |
HÜJK Emmaste |   |   |   | 6 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 40 | 13 |
JK Dünamo Tallinn |   |   | 5 |   |   |   | 4 |   | 9 |   |   |   |   |   |   |   |   | 102 | 8 |
JK Kalev Sillamäe | 5 | 8 |   | 7 | 8 |   |   |   |   | 3 |   |   |   |   |   |   |   | 155 | 7 |
JK Kalju Nõmme |   |   |   |   |   |   |   |   | 5 | 6 |   |   |   |   |   |   |   | 107 | 7 |
JK Kalju Nõmme II |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 4 | 57 | 1 |
JK Merkuur II Tartu |   |   |   |   |   |   |   | 10 |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 14 | 9 |
JK Merkuur Tartu | 7 |   | 6 | 4 | 5 | 6 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 153 | 11 |
JK Tallinna Kalev |   |   |   |   |   |   |   | 4 | 3 |   |   |   | 5 | 1 |   |   |   | 255 | 3 |
JK Tammeka Tartu |   |   |   |   | 6 | 7 | 1 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 105 | 10 |
JK Tammeka Tartu II |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 8 | 6 |   | 89 | 1 |
JK Tervis Pärnu |   | 7 | 8 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 8 |   | 2 | 3 | 8 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 179 | 19 |
JK Tulevik II Viljandi |   |   |   |   |   |   |   |   | 7 | 7 |   | 8 |   |   |   |   |   | 109 | 5 |
JK Tulevik Viljandi |   |   | 3 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 8 | 5 | 137 | 2 |
Jõhvi FC Lokomotiv |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 10 |   |   | 2 |   | 91 | 1 |
Kiviõli FC Irbis |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 6 | 5 | 4 | 3 | 6 | 10 | 7 | 334 | 7 |
KSK-Vigri | 2 | 3 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 87 | 15 |
MC Tallinn |   | 5 | 4 |   |   | 3 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 119 | 11 |
Muhumaa JK |   |   | 7 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 27 | 14 |
Paide linnameeskond |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 4 |   |   |   |   |   |   | 54 | 6 |
Pärnu linnameeskond | 8 |   |   |   |   | 8 |   | 1 |   |   |   | 7 | 7 | 8 | 9 |   | 3 | 318 | 1 |
Rakvere JK Tarvas |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 8 | 10 | 9 |   | 3 | 4 | 8 | 258 | 3 |
Tallinna Jalgpalli Klubi |   |   |   |   | 4 | 5 | 8 | 9 |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 123 | 9 |
Tallinna JK Legion |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 6 | 6 | 9 |   |   |   | 110 | 3 |
Tartu JK Maag Tammeka II |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 5 | 7 |   |   |   |   |   |   | 96 | 6 |
Tartu SK 10 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 4 | 5 |   | 108 | 1 |
Välk 494 Tartu |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 9 |   |   |   |   |   |   |   | 29 | 7 |
Vändra JK Vaprus |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 7 | 9 | 84 | 2 |