Team | 1 9 9 7 - 9 8 | 1 9 9 8
| 1 9 9 9
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| Pts | Strk |
Eesti Põlevkivi Jõhvi | 7 | 7 | 8 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 30 | 15 |
FC Ajax Lasnamäe |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 8 | 10 |   |   |   | 10 |   |   |   | 34 | 3 |
FC Flora Tallinn | 1 | 1 | 3 | 2 | 1 | 1 | 1 | 3 | 4 | 3 | 2 | 2 | 4 | 1 | 1 | 3 | 4 | 3 | 1247 | 18 |
FC Infonet |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 6 | 5 | 104 | 2 |
FC Kuressaare |   |   |   | 7 | 8 |   | 8 |   | 9 |   | 9 |   | 8 | 9 | 9 | 8 | 10 |   | 187 | 1 |
FC Lantana Tallinn | 4 | 3 | 6 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 77 | 15 |
FC Levadia Pärnu |   |   |   |   |   | 8 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 8 | 12 |
FC Levadia Tallinna |   |   | 1 | 1 | 3 | 2 | 3 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 4 | 2 | 1 | 1 | 1263 | 16 |
FC Levadia Tallinna II |   |   |   |   | 6 | 6 | 6 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 74 | 11 |
FC Lootus Kohtla-Järve |   |   |   | 6 | 7 | 7 |   | 8 |   |   |   |   |   | 10 |   |   |   |   | 85 | 4 |
FC TVMK Tallinn | 6 | 6 | 5 | 3 | 2 | 3 | 2 | 2 | 1 | 4 | 3 | 10 |   |   |   |   |   |   | 653 | 6 |
FC Valga |   |   |   | 8 |   |   | 7 | 7 | 8 | 10 |   |   |   |   |   |   |   |   | 81 | 8 |
FC Viljandi |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 8 | 7 |   |   | 56 | 2 |
JK Dünamo Tallinn |   |   |   |   |   |   |   |   | 10 |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 12 | 9 |
JK Kalev Sillamäe |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 5 | 2 | 5 | 5 | 5 | 3 | 2 | 443 | 7 |
JK Kalju Nõmme |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 4 | 5 | 4 | 2 | 1 | 2 | 4 | 504 | 7 |
JK Merkuur Tartu |   |   |   |   |   |   |   | 5 | 6 |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 75 | 9 |
JK Narva Trans | 5 | 4 | 4 | 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | 3 | 2 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 7 | 8 | 958 | 18 |
JK Tallinna Kalev |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 6 | 8 | 10 |   |   | 9 | 8 | 10 | 152 | 3 |
JK Tallinna Sadam | 2 | 2 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 66 | 16 |
JK Tammeka Tartu |   |   |   |   |   |   |   |   | 7 | 6 |   |   | 7 | 6 | 7 | 10 | 9 | 7 | 255 | 6 |
JK Tervis Pärnu | 8 | 8 | 7 |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 37 | 15 |
JK Tulevik Viljandi | 3 | 5 | 2 | 4 | 5 | 5 | 5 | 6 | 5 | 9 | 7 | 6 | 6 | 7 |   |   |   |   | 480 | 4 |
Jõhvi FC Lokomotiv |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 9 | 18 | 1 |
Paide linnameeskond |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 9 | 8 | 6 | 6 | 5 | 6 | 216 | 6 |
Pärnu linnameeskond |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 7 | 8 | 9 |   |   |   |   |   |   | 76 | 6 |
Tartu JK Maag Tammeka |   |   |   |   |   |   |   |   |   | 5 | 5 | 7 |   |   |   |   |   |   | 141 | 6 |